广东医科大学体育教学部前身是1958年建校初成立的湛江医学院“体育教研组”。1992年，“体育教研组”更名为“体育教研室”，隶属于基础部（现为基础医学院）。2007年体育教研室从基础部分离出来，成立“体育部”。2014年，“体育部”易名为“体育教学部”。

2020年以来，体育教学部坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，学习贯彻习近平总书记关于教育、体育的重要论述，全面落实立德树人根本任务。坚持“健康第一”的教育理念，充分发挥学校医学专业特色，积极探索学生体质监测、医学通识教育与民族传统体育文化有机结合的有效路径，推动“体教医融合” 发展，创新“体医融合” 课程设置，推广中华传统体育项目，全面增强学生体质，重视体育场馆建设，体育育人取得了一定的成效。1名教师获广东省2021年度“南粤优秀教师”称号；获省级以上体育竞赛奖项35项，国家级占27项；在第一、二、三届全国校园排舞网络展示大赛中分别获得特等奖、一等奖、一等奖。

体育教学部现有公共体育教研室、运动训练与竞赛中心和学生体质测试中心、体育场馆管理中心3个部门，体育教学部现有教职员工42人，其中专任教师36人，获得硕士学位的24人，占教师总数的57%，副教授14名，占教师总数的33%。体育场馆总面积59620.14㎡（其中室外面积55199.53㎡，室内面积4420.61㎡），肩负两校区体育公共体育课、运动竞赛训练、群众体育和学校的各项体育工作。

目前，体育教学部负责学校本科一、二年级学生体育课教学任务。在不断拓宽体育课教学项目的基础上，增加了中华传统运动项目，修订了体育课程教材，开发了电子教材，把学生最需要的、最实用的、最基本的、最具有时代性的内容纳入课程体系。力求改变学生学习体育课程的态度，把“要我学”转变为“我要学”。体育教学部贯彻落实以教学促锻炼的体育工作全过程。使学生掌握一定的体育基本知识、基本技能和技巧，养成经常锻炼的好习惯和终身体育锻炼的意识和行为；熟练掌握两项及以上健身运动的基本方法和技能；培养良好的思想道德品质和顽强拼搏、创新进取的优秀品德与生活态度；达到提高身体素质、促进身体健康、提升身体免疫力和体育素养的成效。把身体发展、思想品德教育、文化科学教育、生活与劳动技能教育、心智开发等寓于身体活动并有机结合于课程中，帮助学生在体育锻炼中享受乐趣、增强体质、健全人格、锤炼意志，培养德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人。